Gesamte Genom des coronavirus aus Großbritannien Patienten sequenziert, die von Sheffield Wissenschaftler

Wissenschaftler an der Universität von Sheffield, in Partnerschaft mit Sheffield Teaching Hospitals Virologie-team, sequenziert haben Ihre ersten beiden Genome der Roman coronavirus (COVID-19), mit Proben von Patienten, die in der UK.

Die Genome wurden veröffentlicht, um die internationale virale Sequenz-Datenbank GISAID zu verfolgen, dass das virus und untersuchen, wie es verbreitet in der gesamten britischen Bevölkerung.

Die Erhöhung der Menge von Sequenz-Daten liefern wichtige Informationen, die Wissenschaftler rund um die Welt über die Ursprünge von coronavirus-Fälle in Großbritannien, enthüllt, wie das virus kann sich im Laufe der Zeit ändern.

Nach dem Erfolg der ersten beiden Proben, wird das team nun Folge mehr samples in den kommenden Tagen.

Die Universität von Sheffields Abteilung der Infektion, Immunität und Herz-Kreislauf-Erkrankungen, Florey Institut für Wirt-Pathogen-Interaktionen und Ihre Sheffield Institut für Translational Neuroscience (SITraN) arbeiten gemeinsam an Antworten auf die sich rasch entwickelnden Ausbruch des virus.

Dr. Thushan de Silva, Wellcome Trust Clinical Fellow und Berater in Infektionskrankheiten, führt die Arbeit findet an der Universität Sheffield.

Er sagte: „Wie ein virus reist wir wissen, es kann mutieren, wie es reagiert, um die Genetik der lokalen Bevölkerung, die Schaffung verschiedener Stämme, die Verhalten sich möglicherweise unterschiedlich auf die Behandlungen, Impfstoffe und unsere körpereigene Immunantwort. Generierung von Sequenz-Daten ist entscheidend, um die Spur dieses Prozesses.

„Diese Daten, zusammen mit den veröffentlichten Proben aus unseren internationalen Partnern von entscheidender Bedeutung sein wird für uns zu sehen, die trends in diesen Mutationen.“

Die Universität arbeitet mit Berater der Virologe Dr. Caraid Evans von Sheffield Teaching Hospitals NHS Foundation Trust, Abteilung Virologie, wer der führende ist der regionale NHS-Virologie-Laboratorium ist die schnelle Reaktion auf den dringenden Bedarf für die Unterstützung der Öffentlichen Gesundheit England in der Schaffung nationaler Kapazität für diagnostische Dienstleistungen.

Sequenziert, die in weniger als 24 Stunden, das team der Oxford Nanopore Technologies GridION Fähigkeiten unter der Leitung von Matthew Wyles, ein Forschungs-Techniker, mit Sitz in SITraN mit einem Artic-Netzwerk-Protokoll für die real-time-Sequenzierung und Analyse der viralen Genome.

Matthew Parker, einer Klinischen Bioinformatik-Wissenschaftler am National Institute for Health Research (NIHR) Sheffield Biomedical Research Centre und der analyst für das Studium an SITraN, sagte: „Die Einrichtungen und das know-how haben wir hier bei SITraN bedeuten, dass wir in der Lage sind zu schnell-Sequenz und die analyse dieser Proben. Co-Lokalisation der Sequenzierung Ausrüstung und Wissenschaftler, die über Kenntnisse in der Daten-Analyse in der region sind der Schlüssel zu einem erfolgreichen Projekt wie dieses.

„Die Fähigkeiten, die wir entwickelt haben, hier bei SITraN sind entscheidend für Sheffield zu erweitern, unsere Sequenzierung des virus und weiterhin dazu beitragen, zeitnah, zugänglich sind Daten, die helfen, in das Globale management des aktuellen Ausbruchs sind.“

Derzeit sind 32 Länder haben dazu beigetragen, dass die globalen Anstrengungen zur Bekämpfung des Ausbruchs durch das hochladen von Proben in eine öffentliche Datenbank GISAID.